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1、畜禽粪便类：牛、羊、猪、鸡等畜禽的粪便，能将其中的有机物质分解转化，去除臭味，杀死病菌和虫卵，生产出无害化的有机肥料。
2、农业废弃物类
2.1农作物秸秆：如玉米秸、麦杆、稻杆等，可分解秸秆中的纤维素等复杂有机物，使其转化为可被植物吸收的营养物质，用于堆肥还田，提高土壤肥力。
2.2油枯下脚料：如菜籽饼、棉籽饼等油枯，发酵后能将其中的蛋白质、油脂等成分分解转化，成为有机肥料。
3、工业废渣类
3.1酿造废渣：如啤酒厂的酒糟、白酒厂的酒渣等，含有丰富的有机物质，通过发酵可以将其转化为有价值的肥料或饲料原料。
3.2醋渣、糠醛渣、菌渣：这些工业废渣经过人元生物发酵菌的作用，可实现资源的再利用，转化为可用于农业生产的有机物料。
4其他有机废弃物类：果渣等也可以用其人元生物发酵菌进行发酵处理，将其中的糖分、纤维素等物质分解，制成有机肥料或用于其他用途。